师资博士后
刘恋
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研究方向:计算生物学、模式识别、机器学习
办公地点: 文津楼三段527

个人简介

刘恋,黑龙江双鸭山人,副研究员(2021-)2018.07到陕西师范大学计算机科学学院任教。2012.42018.5分别在西安理工大学和西北工业大学获得工学硕士和博士学位,2018.07至今在陕西师范大学计算机科学与技术博士后流动站工作。任中国自动化学会智能健康与生物信息专委会首批委员(2020.12-)CCF会员,CAAI会员,CAA会员,IEEE会员,ACM会员。主持国家自然科学基金1项,省部级项目1项,中央高校基本科研业务费2项。研究方向:生物信息计算、人工智能、机器学习、深度学习、数据挖掘。


学术论文

[1] Lian Liu, Xiujuan Lei , Zengqiang Fang, Yujiao Tang, Jia Meng, Zhen Wei. LITHOPHONE: Improving lncRNA Methylation Site Prediction Using an Ensemble Predictor. Frontiers in Genetics, May. 2020, 11:545. (SCI, 中科院大类二区,2019IF3.258)

[2] Lian Liu, Bowen Song, Jiani Ma, Yi Song, Song-Yao Zhang, Yujiao Tang, Xiangyu Wu, Zhen Wei, Kunqi Chen, Jionglong Su, Rong Rong, Zhiliang Lu, João Pedro de Magalhães, Daniel J Rigden, Lin Zhang, Shao-Wu Zhang, Yufei Huang, Xiujuan Lei, Hui Liu, Jia Meng. Bioinformatics approaches for deciphering the epitranscriptome: Recent progress and emerging topics. Computational and Structural Biotechnology Journal, Jun. 2020, 18: 1587-1604. (SCI, 中科院大类二区,2019IF6.018)

[3] Lian Liu, Xiujuan Lei, Jia Meng, Zhen Wei. WITMSG: Large-scale Prediction of Human Intronic m6A RNA Methylation Sites from Sequence and Genomic Features. Current Genomics, Jan. 2020, 21: 67-76. (SCI, 中科院大类四区,2019IF2.630)

[4] Lian Liu, Xiujuan Lei, Jia Meng, Zhen Wei. ISGm1A: Integration of Sequence Features and Genomic Features to Improve the Prediction of Human m1A RNA Methylation Sites. IEEE Access, Apr. 2020, 8: 81971-81977. (SCI, 中科院大类二区,2019IF3.745)

[5] Lian Liu, Shao-Wu Zhang, Yufei Huang, Jia Meng. QNB: differential RNA methylation analysis for count-based small-sample sequencing data with a quad-negative binomial model. BMC Bioinformatics, Sep. 2017, 18: 387. (SCI, 中科院大类三区,2017IF3.242)

[6] Lian Liu, Shao-Wu Zhang, Yu-Chen Zhang, Hui Liu, Lin Zhang, Runsheng Chen, Yufei Huang, Jia Meng. Decomposition of RNA methylome reveals co-methylation patterns induced by latent enzymatic regulators of the epitranscriptome. Molecular BioSystems, Jan. 2015, 11(1): 262-274.(SCI, 中科院大类三区,2017IF3.336)

[7] Lian Liu, Shao-Wu Zhang, Fan Gao, Yixin Zhang, Yufei Huang, Runsheng Chen, Jia Meng. DRME: Count-based differential RNA methylation analysis at small sample size scenario.. Analytical Biochemistry, Feb. 2016, 499: 15-23. (SCI, 中科院大类三区,2016IF2.507)

[8] 刘恋,张绍武,孟佳,陈润生. 高通量RNA甲基化测序数据处理与分析研究进展. 生物化学与生物物理进展, Oct. 2015, 10:891-899. (SCI, 中科院大类四区,2015IF0.341)

[9] 雷秀娟,张文祥,刘恋.基于多数据融合的circRNA-疾病关联关系预测.中国科学·信息科学,2020.2.25DOI10.1360/SSI-2019-0142

[10] Song-Yao Zhang, Shao-Wu Zhang, Lian Liu, Jia Meng, Yufei Huang. m6A-Driver: Identifying Context-Specific mRNA m6A Methylation-Driven Gene Interaction Networks. PLOS Computational Biology, Dec. 2016, 12: e1005287. (SCI, 中科院大二区,2016IF4.7)

主持(参与)的项目

[1] 国家自然科学基金(青年项目,资助号:61902230):基于MeRIP-Seq测序数据的RNA差异甲基化分析方法研究,2020.1-2022.12,主持

[2] 博士后科学基金面上项目一等资助(资助号:2018M640949)RNA差异甲基化分析方法研究,2018.11-2021.07,主持

[3] 中央高校基本科研业务费一般项目(资助号:GK202103091):基于深度学习的RNA甲基化与疾病关系研究,2021.1-2022.12,主持

[4] 中央高校基本科研业务费一般项目(资助号:GK201903083)基于RNA表达量估计的差异甲基化分析方法研究2019.1-2020.12,主持

[5] 国家自然科学基金(面上项目,资助号:61972451):基于计算方法的circRNA功能挖掘及其与复杂疾病的关系预测研究,2020.1-2023.12,参与

[6] 中央高校基本科研业务费创新团队项目(资助号:GK201901010):生物组学大数据挖掘与疾病靶点预测,2019.1-2021.12,参与

获奖

       [1] 陕西师范大学第十二届青年教师教学基本功大赛优秀奖

       [2] 陕西师范大学第五届教师实验教学创新技能大赛优秀奖 

点击量: 最近更新时间:2018/09/05 17:45:32